Come prima cosa , potete scaricarvi il software direttamente dal sito ufficiale, http://www.phpmyadmin.net/home_page/index.php; non ci sono particolari requisiti di sistema minimi, per cui scaricatevi il pacchetto compresso e dezippatelo nella vostra DocumentRoot di Apache (in genere la cartella "htdocs").
Le impostazioni di default sono tali per cui phpMyAdmin funzioni con una login pari a "root" e senza una password. Per cambiare tali settaggi, cercate nella cartella di phpmyadmin il file "config.sample.inc.php" e rinominatelo in "config.inc.php". Apritelo con un editor di testo ed andate alla riga 31 per cambiare l'host (valore di default localhost) ed aggiungete subito sotto le seguenti tre righe per impostare la login e la password che avete:
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'config'; // Authentication method
$cfg['Servers'][$i]['user'] = 'vostra_login'; // MySQL user
$cfg['Servers'][$i]['password'] = 'vostra_password'; // MySQL password
A tal punto lanciate il vostro browser alla pagina http://localhost/phpmyadmin/index.php per testarlo.
Una volta entrati nella schermata principale di phpmyadmin, vedrete a sinistra l'elenco dei databases installati in MySQL ed al centro le voci di configurazione e creazione di un database.
Per creare un database basta che inseriate un nome nell'apposita casella di testo e cliccate sul tasto "Crea". A tal punto vi comparirà una schermata per la creazione di una tabella.
A tal punto a sinistra vedrete comparire il dettaglio del vostro database con il numero delle tabelle in esso contenute tra parentesi.
Per cancellare il database appena creato, basta cliccare sul tasto "Elimina" ed il database verrà subito cancellato. Ovviamente dietro ad ognuna di queste operazioni vi sono dei comandi SQL che possono essere inseriti (per chi volesse fare tutto manualmente) cliccando sulla scritta SQL ed editando la query SQL nell'apposita casella di testo. Vi rimando alla guida di MySQL per maggiori approfondimenti.
Una volta creato un database, dovete creare una tabella. Innanzitutto dovete dargli un nome e definire il numero dei campi che essa conterrà.
Supponiamo di voler creare una tabella di nome "rubrica" costituita da 4 campi: id, nome, cognome e telefono. Quindi inserite nella casella di testo di sopra il nome ed il numero dei campi della tabella e poi cliccate su "Esegui"; ora vi ritroverete in una schermata in cui dovrete inserire il nome dei campi ed impostare la struttura della tabella stessa (comprese chiave primaria e tipi di dati). In questo esempio la chiave primaria è stata assegnata al campo "id". Di seguito mostro la struttura della tabella così creata (cliccate per ingrandire):
Come vedete, la chiave primaria "id" è sottolineata rispetto i nomi degli altri campi. Cliccando sulla scritta in alto "Struttura", comparirà la schermata di sopra, dove potrete controllare la corretta struttura della tabella, aggiungere un campo, modificare un campo cliccando sull'iconcina corrispondente (
) e cancellarne uno (
). Potete anche controllare le dimensioni della tabella stessa.
Se volete cancellare la tabella basta che clicchiate sulla scritta "Elimina" e controllare poi che il numero delle tabelle scritto tra parentesi nel menù di sinistra passi da 1 a 0.
Vediamo ora di inserire dei dati; cliccate sulla Scritta "Inserisci" in alto ed inserite dei valori per ogni campo e cliccate poi su "Esegui".
A tal punto se l'inserimento sarà andato a buon fine, vi comparirà un messaggio "Righe inserite: 1", altrimenti un messaggio di errore. Ora cliccate su "Mostra" per vedere il record inserito.
Anche qui potete cancellare o editare un campo semplicemente cliccando sulle due solite iconcine corrispondenti al record da modificare.
Per gli utenti esperti di MySQL, abituati ad eseguire query SQL dal prompt del DOS, potranno continuare a farlo usando l'apposita scritta-link "SQL". 
Supponiamo che si volesse trovare il telefono della persona andrea, si dovrebbe scrivere:
select telefono from rubrica where nome='andrea'
per ottenere:
In questa versione del PhpMyAdmin, come avrete notato, affianco alla casella di testo in cui si deve scrivere la query, vi è una textarea contenente tutti i campi della tabella in questione; questa vi può aiutare a ricordare i campi ma anche ad inserirli nella vostra query che state scrivendo, semplicemente selezionando il campo e cliccando sul tasto "<<".
